Maud Guillemet Naturopathe Besançon

Comprendre différents mécanismes possibles des troubles digestifs et explorer les pistes pour les soulager.

La Société Nationale Française de Gastro-Entérologie (SNFGE) nous dit que : « Le syndrome de l’intestin irritable (SII) fait partie des troubles fonctionnels intestinaux. » (…). « Il s’agit d’une pathologie chronique (au moins 6 mois d’évolution) associant des douleurs abdominales et des troubles du transit intestinal comme des épisodes de diarrhée ou de constipation voire une alternance des deux. »¹

De nombreuses personnes sont concernées par ces troubles puisque 5 % de la population française en serait potentiellement atteinte², soit plus de 3 millions de personnes.

Symptômes du SII, validés par la Société Nationale Française de Gastro-Entérologie (SNFGE)

La SNFGE, qui participe aux recommandations de santé publique, a recensé les symptômes associés au SII :

• douleurs abdominales (spasmes, torsions, parfois brûlures) pouvant être intermittentes, souvent accentuées quelques heures après les repas
• ballonnements
• gaz
• symptômes extra-digestifs possibles : maux de tête, bouffées de chaleur, douleurs musculaires, fatigue, etc.³

Différentes hypothèses de causes du SII, soutenues par la SNFGE

Je me permets d’ajouter ici, qu’il n’est pas toujours évident de distinguer les causes et les conséquences d’un trouble.

Pourquoi je ne suis pas toujours très à l’aise avec le qualificatif « fonctionnel » pour les troubles de santé ?

Le dictionnaire médical de l’Académie de Médecine nous dit qu’un trouble fonctionnel est : une « plainte portant sur le fonctionnement d’un ou de plusieurs organes (sphère digestive, cardiovasculaire, ORL, etc.) sans lésions anatomiques reconnues pouvant en rendre compte. » ⁵

Or, l’on ne trouve que ce que l’on a cherché, que ce que l’on sait chercher et que ce que l’on veut bien voir.

Le SII est un diagnostic d’exclusion. Qu’est-ce que cela veut dire ?

La Société Nationale Française de Gastro-Entérologie (SNFGE) nous dit que « par définition, les examens sont normaux dans le syndrome de l’intestin irritable, qui est un diagnostic d’élimination, essentiellement clinique. L’objectif des examens complémentaires est d’exclure une affection organique, rectocolique ou de la région abdomino-pelvienne. En cas de symptômes évocateurs ou d’alarme, des examens peuvent être proposés comme une numération formule sanguine (NFS) pour repérer une anémie, une endoscopie du côlon (coloscopie), une échographie abdominale, des analyses de selles en cas de diarrhée (coproculture). »⁶

Mais quelles causes sont réellement éliminées dans la démarche diagnostique du SII ? Lorsque les examens courants ne révèlent apparemment rien de probant, peut-on en déduire que toutes les causes possibles des troubles digestifs ont été exclues ?

Je ne mets pas en cause les médecins eux-mêmes mais je questionne un système qui pourrait peut-être comporter certaines failles.

Exemples d’affections pouvant provoquer des symptômes digestifs similaires à ceux du SII

Lorsque le Syndrome de l’Intestin Irritable ne semble pas évoluer favorablement, malgré les recommandations classiques, il me semble important de pouvoir questionner d’autres causes éventuelles aux troubles digestifs. J’ai conscience que la liste des pathologies et dysfonctionnements possibles peut paraître « impressionnante ».

Il est important de rappeler que : des réponses thérapeutiques existent pour chacun des dysfonctionnements cités dans les trois tableaux de ce chapitre, qu’elles soient allopathiques, naturelles ou une association des deux.

Certains des troubles cités, sont encore peu connus ou reconnus par l’ensemble des professionnels de santé (ex : SIBO/IMO, intolérance à l’histamine, altération de la barrière et de la perméabilité intestinale de l’intestin grêle, Prolifération Fongique Intestinale, hypochlorhydrie, parasitose, etc.).

Comme vous pourrez le lire, certaines affections n’ont pas toujours d’examen complémentaire reconnu de façon universelle, par la médecine conventionnelle. Cette absence d’examen complémentaire consensuel fait souvent reposer la détermination de ces troubles sur l’observation de signes cliniques.

Ceci explique sans doute pourquoi certains de ces dysfonctionnements sont difficilement pris en compte par l’ensemble des professionnels de santé. Pourtant, la démarche clinique devrait toujours guider l’interprétation des examens complémentaires et jamais l’inverse !

Pour une question de lisibilité, j’ai classé ces exemples de troubles digestifs pouvant donner des symptômes similaires au SII, en trois tableaux, selon leur niveau de reconnaissance par le milieu médical :

Tableau 1 : Diagnostics différentiels du SII, couramment explorés en médecine générale ou gastro-entérologie	– Maladie de Crohn – Rectocolite Hémorragique (RCH) – Diverticulite – Maladie cœliaque
Tableau 2 : Exemples de causes possibles de troubles digestifs, aux symptômes similaires au SII, parfois oubliés, dont les moyens diagnostiques présentent certaines failles	– SIBO/IMO – Endométriose
Tableau 3 : Exemples de causes possibles de troubles digestifs similaires au SII, mais peu reconnus ou pris en compte par les professionnels médicaux	– Altération de la barrière et de la perméabilité intestinale de l’intestin grêle – Parasitose intestinale – Prolifération Fongique Intestinale (PFI) – Intolérance à l’histamine – Hypochlorhydrie – Fermentations coliques excessives (non dues à une dysbiose intestinale) – Sensibilité à certains anti-nutriments – Manque de mastication

Tableau 1 : Exemples de diagnostics différentiels du SII, couramment explorés en médecine générale ou gastro-entérologie lors de troubles digestifs persistants ou particulièrement importants

Les pathologies citées dans ce tableau sont relativement peu courantes. La plupart du temps, les médecins les auront investiguées et écartées avant de poser le diagnostic de SII.

Exemples de causes possibles de troubles digestifs (hors SII)	Symptômes cliniques	Examens complémentaires
La maladie de Crohn : – maladie auto-immune. – inflammation chronique du tube digestif. – lésions discontinues, mais profondes – principalement partie terminale de l’intestin grêle (iléon), mais potentiellement de la bouche à l’anus. – évolue par poussées.	– douleurs abdominales – diarrhées fréquentes – grande fatigue – nausées / vomissements – ulcérations / fissures anales / abcès anaux – écoulement de glaires et de sang au niveau anal – perte d’appétit – perte de poids – inflammation oculaire – aphtes – douleurs articulaires – lésions cutanées	– bilan sanguin : CRP ↗, ferritinémie ↘ , vitamines B9 B12 ↘, albuminémie ↘ – mesure de calprotectine dans les selles (marqueur de l’inflammation) – iléo-coloscopie : endoscopie de l’anus à l’iléon / biopsie – endoscopie digestive haute – vidéocapsule endoscopique –IRM, scanner, échographie
La Rectocolite Hémorragique (RCH) : – maladie auto-immune. – inflammation chronique côlon / rectum (pas d’atteinte du grêle ni de l’anus). – lésions continues moins profondes que la maladie de Crohn. – évolue par poussées.	– douleurs abdominales – diarrhée – sang et glaires sans émission de selles – fatigue – perte de poids – perte d’appétit – douleurs articulaires – inflammation oculaire – aphtes – lésions cutanées	– bilan sanguin : CRP ↗, ferritinémie ↘ , vitamines B9 B12 ↘, albuminémie ↘ – mesure de calprotectine dans les selles (marqueur de l’inflammation) – iléo-coloscopie : endoscopie de l’anus à l’iléon / biopsie – IRM, scanner, échographie
La diverticulite : – crise d’inflammation ou d’infection de diverticules coliques. – diverticules coliques : anomalies de la muqueuse intestinale du côlon, en forme de petits sacs qui peuvent aussi rester asymptomatiques.	– douleurs abdominales à gauche, souvent dans un contexte de constipation – fièvre	– bilan sanguin : CRP ↗, globules blancs ↗ – scanner
La maladie cœliaque : – maladie auto-immune dirigée contre la muqueuse de l’intestin grêle. – destruction des villosités intestinales. – perturbation de l’absorption des nutriments et micro-nutriments. – déclenchée par l’ingestion de gluten de blé, de seigle ou d’orge.	– diarrhée / constipation – douleurs abdominales – nausées / vomissements – perte de poids – perte d’appétit – fatigue – aphtes – douleurs articulaires – problème de peau	– dosage sanguin : IgA totales, anticorps IgA anti-transglutaminases – si taux IgA trop faibles, dosage anticorps de type IgG : IgG totales et anticorps IgG anti-transglutaminases Pour le dosage sanguin des anticorps, le gluten doit être maintenu dans l’alimentation – endoscopie pour biopsie

Tableau 2 : Autres causes possibles de troubles digestifs, aux symptômes similaires au SII, parfois oubliés et dont les moyens diagnostiques présentent certaines failles.

Ici je vais mettre en lumière deux pathologies reconnues par les professionnels médicaux, qui peuvent donner des symptômes proches du SII. Leurs moyens diagnostiques présentent certaines failles connues, en termes d’examens complémentaires et d’interprétation.

Exemples de causes possibles des troubles digestifs (hors SII)	Symptômes cliniques	Examens complémentaires
Le SIBO/IMO : – pullulation de micro-organismes non pathogènes, dans l’intestin grêle (pour le SIBO, il s’agit de bactéries à hydrogène ou à sulfure d’hydrogène) et/ou dans le côlon (pour l’IMO, il s’agit d’archées méthanogènes). – les SIBO sont plutôt associés à de la diarrhée et l’IMO à de la constipation mais l’inverse peut aussi être possible. Le SIBO et l’IMO sont reconnus par la SNFGE mais leurs diagnostics peuvent être « hétérogènes » car : – tous les médecins ne sont pas encore très à jour sur ces pathologies. – test simple (test respiratoire, mesures air expiré après ingestion d’un substrat : glucose ou lactulose), mais résultats qui peuvent manquer de fiabilité selon : le substrat utilisé, la préparation du patient, les médicaments pris récemment, l’utilisation d’antibiotiques, le Temps de Transit Orocécal (TTOC, de la bouche à la fin de l’intestin grêle), l’interprétation des résultats, etc.7 – en France, le test de première intention, utilise comme substrat le glucose. Ce choix de substrat peut induire de faux négatifs, car il ne permet pas de détecter des fermentations distales de l’intestin grêle. – les mesures du méthane pour diagnostiquer l’IMO ne sont pas encore ajoutées de façon systématique. Cela me semble regrettable d’autant plus que les archées méthanogènes sont consommatrices d’hydrogène, ce qui peut masquer un SIBO à hydrogène8. – Je me questionne d’ailleurs sur la pertinence d’un résultat négatif pour l’IMO, quand le glucose a été utilisé comme substrat, alors que les archées méthanogènes peuvent avoir pullulé sur la fin de l’intestin grêle et dans le côlon.	– ballonnements dès la fin du repas – gaz (odeur typique d’œuf pourris pour le SIBO à sulfure d’hydrogène) – douleurs abdominales – diarrhée / constipation	– Test respiratoire au glucose ou au lactulose (les deux substrats présentent des avantages et des limites) Personnellement : – je conseille plutôt le choix du lactulose comme substrat (même s’il n’est pas la recommandation officielle, en France) car il permet de mesurer des fermentations du grêle plus distales pour le SIBO. Il est aussi, à mon sens, bien plus pertinent pour mesurer les fermentations à type de méthane sur la fin du grêle et dans le côlon, concernant l’IMO. Pour autant, je sais qu’il n’y a pas de consensus international autour de ce substrat qui pourrait induire des faux positifs, en cas de Temps de Transit Orocécal trop rapide. – je conseille aussi de tester l’IMO de façon systématique (en même temps que le SIBO) car il peut cacher un SIBO à hydrogène9. Ici, il ne s’agit pas non plus d’une stratégie validée par consensus médical. – en France, il n’existe pas actuellement de test pour le SIBO à sulfure d’hydrogène. – je conseille également une préparation plus rigoureuse que les recommandations classiques, pour limiter les faux négatifs, tout comme les faux positifs. voir tableau de recommandations pour la préparation du test respiratoire SIBO/IMO.
L’endométriose – présence de tissu endométrial hors de la cavité de l’utérus. – ces tissus vont saigner et provoquer des douleurs intenses dans la période menstruelle. – cette pathologie est aujourd’hui bien connue mais le lien possible entre endométriose et troubles digestifs n’est pas toujours questionné. – l’accès aux examens complémentaires et à leur interprétation par des experts de l’endométriose, est encore inégal.	– douleurs intenses et invalidantes dans les zones où le tissu endométrial a migré – le tissu endométrial peut aussi se loger au niveau intestinal, péritonéal, rectal, etc. et induire des douleurs et des troubles digestifs	– échographie pelvienne – IRM – coelioscopie à l’étude : – test salivaire (analyse micro-ARN, séquençage) – TEP (Tomographie par Émission de Positons) / IRM : ciblant la recherche de remodelage tissulaire et de fibrose

Tableau 3 : Exemples de causes possibles de troubles digestifs similaires au SII, mais peu reconnus ou peu pris en compte par les professionnels médicaux

Les troubles présentés dans ce tableau n’ont pas tous le même niveau de validation scientifique, ni des critères diagnostiques faisant consensus. Il s’agit de pistes ou d’hypothèses qui pourraient être discutées, selon les tableaux cliniques.

Pour améliorer la lisibilité autour de la validation du milieu médical des troubles de ce tableau, vous trouverez un encart « Niveau de validation en médecine allopathique », dans la première colonne, en bas de la présentation de chaque trouble.

Exemples de causes possibles des troubles digestifs	Symptômes cliniques	Examens complémentaires
L’altération de la barrière et de la perméabilité intestinale de l’intestin grêle – cette muqueuse est une membrane « intelligente » qui doit réussir la prouesse de laisser passer les nutriments (vers le milieu interne = sang et organe) sans laisser entrer d’aliments insuffisamment digérés ni de micro-organismes. – dans l’altération de la barrière et de la perméabilité intestinale, la muqueuse n’est plus aussi sélective qu’elle devrait l’être. Il y a un risque hypothétique que des aliments insuffisamment digérés et que certains composants microbiens puissent la traverser et pénétrer le milieu interne.10 – mécanismes qui pourraient être en cause : inflammation locale, modifications des jonctions serrées entre les cellules de la muqueuse, interactions avec un microbiote déséquilibré, alimentation inadaptée, stress, etc.11 Niveau de validation médecine allopathique : – le phénomène d’altération de la barrière et de la perméabilité intestinale de l’intestin grêle est connu et étudié mais toutes les composantes de ce trouble ne font pas consensus (cause ou conséquence de certaines pathologies intestinales, moyens diagnostiques, traitement, etc.). – encore trop peu connu par l’ensemble des professionnels de santé même si la SNFGE parle « d’intestin poreux » comme hypothèse de cause du SII. – pas de recommandation en termes d’évaluation et de traitement en médecine conventionnelle.	– diarrhée / constipation – ballonnements / gaz – douleurs abdominales – carences nutritionnelles – fatigue – brouillard mental – problème de peau : eczéma, psoriasis	– pas de test unique et simple, permettant à lui seul de poser un diagnostic, ni reconnu universellement par la médecine conventionnelle – mesure de calprotectine dans les selles (marqueur de l’inflammation) – test d’ingestion lactulose et mannitol puis mesure dans les urines. Le résultat de ce test (expérimental, indirect et non consensuel) interprète un rapport lactulose / mannitol. Le lactulose et le mannitol ont des niveaux d’absorption différents, au travers de la muqueuse de l’intestin grêle. – dosage de la zonuline sanguine (test expérimental et non consensuel) qui mesure (dans le sang) l’hormone qui régule l’ouverture des jonctions serrées des cellules de la muqueuse de l’intestin grêle.
La parasitose intestinale : – présence de parasites (protozoaires ou vers) dans l’intestin. – protozoaires : organismes unicellulaires comme les amibes, giardia, cryptosporidium. – vers (helminthes) , oxyures, ascaris, tænia « ver solitaire », ankylostome (tropical). – transmission : alimentation, eau, mains souillées, terre, voyage, immunité basse, etc. Niveau de validation médecine allopathique : – les médecins reconnaissent les parasitoses, mais uniquement si elles sont validées par un examen complémentaire (selles) – nombreux biais : pas d’examen unique pour tous les types de parasites, examens à pertinence et sensibilité variable, 4 stades d’évolution des parasites qui peuvent mettre en difficulté leur détection et leur traitement : œufs, larves, kystes, adultes, examens rarement prescrits, etc.	– diarrhées (avec glaire pour giardia) / constipation – douleurs abdominales – nausées / vomissements – ballonnements – démangeaisons anales ( la nuit +++ pour les oxyures) et auriculaires – fatigue – irritabilité (oxyures) – perte de poids ( +++ tænia) – faim excessive (+++ tænia) – toux (ascaris) – carences – certains vers comme les oxyures adultes et le tænia (segments) peuvent être visibles dans les selles	– bilan sanguin : dans la Numération Formule Sanguine (NFS), les leucocytes polynucléaires éosinophiles vont être augmentés dans les phases de migration tissulaire des vers parasites (helminthes), puis le taux va se normaliser et peut réaugmenter selon les phases d’évolution de la parasitose – Examen Parasitologique des Selles (EPS) : au microscope, 3 recueils à 3 jours d’intervalle, recherche d’œufs, de kystes, larves – test au ruban adhésif (scotch-test) : oxyure, tænia – détection d’antigènes dans les selles : tests immunologiques pour certains parasites (giardia, cryptosporidium). – PCR (biologie moléculaire) des selles : détection de l’ADN parasitaire, très sensible et spécifique selon le panel
La Prolifération Fongique Intestinale (PFI)/ SIFO (Small intestinal fungal overgrowth)/ Candidose digestive : – perturbation de l’équilibre du microbiote (dysbiose) intestinal par une prolifération excessive de levures, dont la plus connue est le Candida albicans. 12 – anciennement appelée (sans doute maladroitement) candidose digestive. – cette dysbiose fongique intestinale fait l’objet de controverse car elle était sujette à un amalgame avec une pathologie infectieuse gravissime (concernant le sang et les organes) : la candidose systémique. – il n’y a pas encore de consensus sur le nom donné à cette dysbiose (PFI, Infection Fongique Intestinale, Dysbiose Fongique Intestinale, SIFO, candidose digestive) dont l’approche est pour le moment en partie empirique – la PFI semble malgré tout intéresser de plus en plus la communauté scientifique médicale, mais est encore insuffisamment étudiée et ne fait pas l’objet de critères diagnostiques standardisés. – le Candida albicans peut faire partie d’un microbiote intestinal équilibré, mais dans la PFI à Candida albicans sa prolifération devient excessive.13 – la PFI peut aussi être asymptomatique. – la transition de la forme de levure à la forme filamenteuse14 et la constitution d’un biofilm (agrégation + matrice protectrice) 15 sont possiblement des critères de virulence et de proliférations problématiques. – facteurs de risque : traitement antibiotique, traitement anti-acide (Inhibiteur de la Pompe à Protons), corticothérapie, alcool, alimentation trop glucidique, trouble de la motilité intestinale, faiblesse immunitaire, diabète de type II et autres perturbations associées au syndrome métabolique16, etc. 17 Niveau de validation médecine allopathique : – la candidose digestive est reconnue depuis 2023 dans la Classification Internationale des Maladies (CIM) de l’Organisation Mondiale de la Santé (CIM-11 code 1F23.2) pour autant sa définition, sa terminologie et son diagnostic restent encore discutés et étudiés. – reste controversée et sous-diagnostiquée en raison de ses difficultés diagnostiques.18	– diarrhée / constipation – douleurs abdominales – ballonnements / gaz Autres symptômes observés de façon empirique, mais non reconnus pour le moment : – brouillard mental – envie de sucre – fatigue – mycose de la langue (muguet) , mycose vaginale, mycose cutanée, infections urinaires à répétition	– pas de test unique et simple reconnu universellement par la médecine conventionnelle – culture fongique d’aspirations de l’intestin grêle, examen invasif rarement réalisé – un test urinaire des métabolites du Candida (MOU fongique urinaire) est parfois utilisé en pratique alternative mais ne fait pas l’objet de consensus scientifique – prélèvement local possible pour : muguet, mycose vaginale, mycose cutanée
L’intolérance à l’histamine : – l’histamine est une molécule produite par certaines cellules de notre système immunitaire. Elle est impliquée dans la réaction inflammatoire de l’allergie. – l’histamine est également présente en quantité variable dans certains aliments. Notre intestin produit une enzyme, la DAO qui doit dégrader l’histamine issue des aliments avant qu’elle ne passe dans le sang. – dans l’intolérance à l’histamine, l’organisme est exposé à un surplus d’histamine venant de l’alimentation. Un défaut de production de DAO (par les cellules de l’intestin grêle) serait impliqué dans ce trouble. 19 – il ne s’agit pas d’une réaction immunitaire mais elle peut provoquer des symptômes semblables à ceux d’une allergie.20 – causes possibles : atteintes de la muqueuse intestinale21 (donc maladie de Crohn22 et Rectocolite Hémorragique23 mais pas que), dysbiose intestinale24, certains traitements médicaux (certains antibiotiques, certains anti-inflammatoires, certains diurétiques, certains anti-douleurs, certains anxiolytiques, etc 25), polymorphismes génétiques26 (mutations génétiques), l’alcool27. – ex. d’aliments riches en histamine : charcuterie fumée, fromage affiné, poisson en conserve, produits fermentés, alcool, tomate, chocolat, banane, etc. Niveau de validation en médecine allopathique : – étudiée mais manque encore de données. – les mécanismes de l’intolérance à l’histamine sont en partie connus et reconnus. – non reconnue comme une pathologie à part entière. – pas de standardisation des approches diagnostiques.	– diarrhée – maux de tête – symptômes rhino-conjonctivaux – asthme – hypotension – arythmies – urticaire / prurit (démangeaisons) – bouffées de chaleur / rougeurs 28	– pas de test unique et simple reconnu universellement par la médecine conventionnelle – sans test de référence, l’évaluation repose sur un interrogatoire poussé des symptômes cliniques et sur l’observation des résultats de l’éviction des aliments riches en histamine et de la complémentation en DAO
L’hypochlorhydrie – manque d’acidité au niveau de l’estomac. – causes possibles : hypothyroïdie, gastrite atrophique auto-immune ou maladie de Biermer (atrophie des cellules productrices de suc gastrique) 29, médicaments inhibiteurs de la sécrétion d’acide, Helicobacter pylori, âge avancé, chirurgie gastrique, – conséquences possibles : impacte le microbiote intestinal, pullulations de micro-organismes et fermentations coliques, possibles infections bactériennes et parasitaires30. Niveau de validation en médecine allopathique : – reconnue mais peu diagnostiquée	– difficulté à digérer correctement notamment les protéines (carences en acides aminés, gaz odorants) – ballonnement / gaz – reflux gastro-œsophagien – troubles du transit – carences en fer, zinc et B12	– pas de test unique et simple reconnu universellement par la médecine conventionnelle – la mesure de l’acide chlorhydrique ou du pH du suc gastrique est possible mais invasive et peu réalisée – une gastrite par infection à Helicobacter pylori se diagnostique par test respiratoire ou prélèvement lors d’une gastroscopie – certaines analyses sanguines sont utilisées pour la recherche de gastrite auto-immune, notamment : gastrine à jeun ↗ (diminution de l’acidité), rapport pepsinogène I/II ↘ (atrophie des cellules productrices de suc gastrique), ferritine et B12 ↘, anticorps anti-cellules pariétales et anticorps anti-facteur intrinsèque (marqueurs de l’auto-immunité) – test d’ingestion de bicarbonate et de mesure du temps d’éructation parfois utilisé en pratique alternative, mais il n’a aucune reconnaissance scientifique
Les fermentations coliques excessives (non dues à une dysbiose intestinale) – le côlon est physiologiquement le siège de fermentation de glucides fermentescibles (fibres/FODMAP). Cela s’exprime par quelques gaz inodorants, un ventre souple et indolore. – la présence excessive, dans le côlon, d’aliments insuffisamment hydrolysés (digérés de façon enzymatique) en amont (intestin grêle) peut favoriser des fermentations trop importantes par les micro-organismes coliques. – les enzymes digestives sont comme de petits ciseaux chimiques qui permettent de découper les aliments en éléments suffisamment petits pour être assimilés (hydrolyse), en passant par la muqueuse de l’intestin grêle, vers le sang et les organes (milieu interne). Hydrolyse incomplète ou lente de certaines protéines – ex : certaines caséines (protéines du lait)31, gluten32, soja33, légumineuses34 Intolérance aux glucides – la littérature scientifique décrit un phénomène pathologique d’intolérance aux glucides (FODMAP, amidon, saccharose) qui est une forme symptomatique de malabsorption des glucides. Il pourrait s’agir d’une mauvaise absorption des glucides au niveau de l’intestin grêle (pourtant bien digérés de façon enzymatique) ou d’une mauvaise digestion enzymatique qui expliquerait leur passage au niveau colique 35. – Facteurs favorisant des fermentations coliques excessives : problème de mastication, hypochlorhydrie, excès de glucides (féculents et produits sucrés), mauvaise connaissance de ses capacités digestives personnelles, non pré-germination des légumineuses (attention aux farines ou pâtes de légumineuses) et oléagineux (attention aux purées d’oléagineux), consommation de soja non fermenté, etc. – les capacités enzymatiques peuvent être variables d’un individu à l’autre ainsi que la sensibilité à la présence d’aliments insuffisamment digérés au niveau colique. Niveau de validation en médecine allopathique : – l’intolérance aux glucides est reconnue et étudiée mais sans test diagnostique consensuel sauf pour le lactose – il est connu que certaines protéines ne sont pas entièrement hydrolysées et que des éléments protéiques insuffisamment digérés peuvent poursuivre leur chemin dans le côlon. Il est admis que certaines personnes pourraient en ressentir un inconfort digestif. (La maladie cœliaque et l’allergie au gluten mettent en jeu d’autres processus pathologiques)	– Troubles du transit : diarrhée / constipation – gaz / ballonnements – nausées / vomissements – douleurs abdominales – reflux gastro-œsophagien	– peu de tests spécifiques pour évaluer la capacité digestive d’un aliment. – test spécifique pour la lactase (enzyme digestive du lactose) : test respiratoire à l’hydrogène après ingestion de lactose – la plupart des tests « d’intolérance alimentaire » commerciaux actuels se basent sur des mesures d’anticorps. Ils analysent des réactions du système immunitaire et non la capacité digestive, qui dépend, elle, de notre capacité enzymatique. À ce jour, je reste donc prudente dans l’interprétation de ces fameux tests, souvent fort coûteux.
La sensibilité à certains anti-nutriments – Une grande partie des végétaux que nous consommons contient en quantités variables d’anti-nutriments comme les lectines ou l’acide phytique. – exemples d’aliments riches en lectines : peau et graines des légumes d’été (tomate, concombre, courgette, aubergine, poivron), l’enveloppe de céréales (son des céréales complètes), légumineuses, soja non fermenté, noix de cajou, cacahuète. – exemples d’aliments riches en acides phytiques : céréales complètes, oléagineux et légumineuses non trempés. – ces anti-nutriments peuvent : diminuer la digestion de protéines, altérer la qualité de la muqueuse intestinale, diminuer l’assimilation de certains micronutriments (zinc, fer, magnésium, etc.). – certaines pratiques culinaires permettent de diminuer ces anti-nutriments : épluchage et épépinage (des aliments concernés), pré-germination (trempage), fermentation (levain, lacto-fermentation), cuisson, etc. Niveau de validation en médecine allopathique : – cette année (2026) EFSA (Autorité européenne de sécurité des aliments) a émis des recommandations concernant la préparation et la consommation d’aliments contenant des lectines : trempage, cuisson haute température pendant 30 min, voire utilisation de conserves industrielles car cuisson haute température.36 – les difficultés possibles d’hydrolyse des protéines végétales dues aux anti-nutriments (par exemple : acide phytique ou lectine) sont connues (principalement étudiées sur l’animal et in vitro sur des modèles humains).37	– troubles transit : diarrhée / constipation – gaz – ballonnements – carences micronutriments ex : fer	– pas de test spécifique
Le manque de mastication – la mastication est la première étape de la digestion. – c’est une étape majeure et irremplaçable. – dans la bouche ont lieu les premiers processus enzymatiques. – les aliments doivent descendre en bouillie dans l’estomac. – l’estomac n’a pas la capacité de rattraper le mauvais travail de mastication. – une partie des aliments ne pourra pas être digérée et peut favoriser des fermentations digestives. Niveau de validation en médecine allopathique : – une revue de littérature scientifique de 2025 met en avant les résultats de plusieurs études récentes suggérant un lien possible entre une mauvaise mastication et une santé gastro-intestinale affectée. 38	– diarrhée / constipation – gaz / ballonnements – pullulation de certaines bactéries coliques par excès de fermentation – carences – sensation de lourdeur digestive – douleurs abdominales – morceaux d’aliments dans les selles	– pas de test spécifique – consultation chez un dentiste si le défaut de mastication est dû à un problème bucco-dentaire

Mon avis de naturopathe sur le rôle du stress dans les troubles digestifs fonctionnels

Dans l’édition 2018 du dictionnaire médical de l’Académie de Médecine, l’on peut lire : « Les troubles fonctionnels, sans lésions anatomiques, sont le fait de personnalités anxieuses, histrioniques » (comportement excessif pour attirer l’attention). « Ils peuvent constituer le signe initial d’une autre affection psychique, notamment dépressive. »³⁹

Nous sommes bien d’accord, cette partie de la définition des troubles fonctionnels est plus que contestable. Heureusement les choses évoluent mais parfois les vieilles idées ont la peau dure !

De mon point de vue, il est bien évident que le stress et les affections psychiques peuvent jouer un rôle important dans la majoration et le ressenti des symptômes. Ce qui est tout à fait normal puisque la douleur et les états psychiques partagent le même système nerveux, les mêmes hormones ou neurotransmetteurs. Pour autant, je pense que le stress, l’anxiété et la dépression sont trop souvent invoqués comme étant la cause de pathologies physiologiques dont l’on peine à comprendre l’étiologie exacte.

Une personne que je ne pourrais pas citer car je l’ai tout simplement oubliée, avait partagé une image très intéressante pour illustrer ces propos : imaginez une bouteille de gaz laissée ouverte et qui libère son contenu … il peut se passer un moment sans que rien d’impressionnant n’arrive … et puis quelqu’un craque une allumette … et là l’explosion se produit.

La bouteille de gaz laissée ouverte représente les déséquilibres physiologiques accumulés ; en naturopathie l’on parle de « terrain déséquilibré ». Parfois il peut se passer des années sans que des symptômes majeurs ne se fassent sentir et puis un jour, un choc émotionnel ou un stress important déclenche réellement une pathologie.

Pour autant, la régulation du stress et l’accompagnement des émotions restent évidemment une piste importante pour soulager toutes pathologies et particulièrement le Syndrome de l’Intestin Irritable.

Conseils en naturopathie pour soulager le Syndrome de l’Intestin irritable

✔ Améliorer la qualité de la muqueuse intestinale / traiter l’hyperperméabilité intestinale

De mon point de vue, prendre soin et améliorer régulièrement la qualité de sa muqueuse intestinale est une stratégie très pertinente dans le SII . C’est un point central pour :

• soulager les inflammations,
• permettre une absorption efficace de nutriments et micronutriments,
• favoriser le maintien d’un microbiote sain dans l’intestin

Pour ma part, j’utilise principalement la L-glutamine pour soutenir les entérocytes (cellules de la muqueuse de l’intestin grêle) et le butyrate pour les colonocytes (cellules de la muqueuse du côlon). Je leur associe toujours au moins du zinc, pour favoriser les processus de cicatrisation. Dans certains cas, où la L-glutamine peut être déconseillée, je peux proposer du gel d’aloe vera et/ou de l’eau d’argile verte.

✔ Assainir le microbiote intestinal et améliorer sa diversité

La santé du microbiote intestinal est d’une importance majeure pour un bon fonctionnement digestif.

• se poser la question des éventuelles pullulations de micro-organismes (SIBO, IMO, PFI) et les traiter
• adapter l’alimentation pour favoriser la diversité et la qualité du microbiote intestinal (légumes et fruits ↗ , agriculture biologique ↗, alimentation industrielle ↘, céréales et produits sucrés ↘, alcool ↘, etc.)
• utiliser des probiotiques bien choisis et au bon moment

✔ Vermifuger

Actuellement, la pratique du vermifuge ne fait pas consensus. Cela n’a pas toujours été le cas.

Par l’alimentation, l’eau, le contact avec les animaux, la terre, etc., nous sommes en contact avec des parasites. De mon point de vue, il est pertinent, pour la santé du microbiote intestinal, d’effectuer des cures de plantes aux vertus vermifuges, 2 fois par an, au changement de saison (mars et septembre).

Le choix du complexe de plantes et du protocole doit se faire de façon individualisée, en fonction du contexte et des sensibilités individuelles (clou de girofle, brou de noix, absinthe, ail, figuier, noyer, camomille romaine, etc.). Il convient parfois d’associer à la cure des acides aminés (arginine et ornithine) qui vont favoriser la détoxification des métabolites issus de l’élimination des parasites.

Certains parasites comme les ascaris ou les tænias demandent des traitements particuliers.

✔ Soutenir le foie

Le foie est un organe important qui :

• dans son rôle digestif : produit la bile qui permet la digestion des graisses. Elle joue aussi un rôle dans la régulation microbienne du tube digestif et favorise le transit par un effet « lubrifiant »
• dans son rôle de filtre sanguin : permet de déclencher l’élimination des toxines et des toxiques présents dans notre corps

L’alimentation moderne, l’exposition aux polluants, la sédentarité, les troubles du sommeil, surchargent le travail du foie. Je conseille fortement de soutenir cet organe 2 fois par an, dans ses processus de détoxification, lors des changements de saison (mars et septembre). En phytothérapie, ma plante de choix est le chardon-marie.

✔ Traiter l’inflammation

Les troubles digestifs, et d’autant plus s’il y a des douleurs, sont souvent associés à de l’inflammation au niveau des muqueuses digestives. Traiter ces inflammations est donc d’une grande importance :

• identifier les sources d’inflammation et les ajuster (alimentation, alcool, stress, manque de sommeil, sédentarité, etc.)
• traiter les muqueuses digestives
• soutenir le corps dans ses processus de résolution de l’inflammation (oméga 3, zinc, magnésium, vitamine D, certaines plantes comme le Boswellia serrata ou les bourgeons de cassis, etc.)

✔ Améliorer le transit

La régulation du transit fait à la fois partie du traitement et du soulagement des symptômes. Tous les autres points évoqués dans ce chapitre participent à son amélioration.

✔ Soutenir le système nerveux et soulager les spasmes

Comme exprimé plus haut, sans être la cause principale, le stress et l’état émotionnel en général peuvent avoir un effet de majoration important des troubles digestifs. La régulation du stress et l’accompagnement des émotions doivent bien sûr être une approche personnalisée. Je propose différentes pistes :

• consulter un.e professionnel.le pour une psychothérapie adaptée
• s’adresser à des professionnels compétents en : hypnose, sophrologie, yoga, fascia-thérapie, etc.
• exercer une activité physique régulière
• passer très régulièrement des moments en pleine nature
• pratiquer : exercices de respiration, exercices de cohérence cardiaque, méditation, relaxation
• favoriser un sommeil de qualité
• en micro-nutrition : magnésium, +/- glycine (selon qualité du sommeil), +/- L-tyrosine (selon fonction thyroïdienne), +/- tryptophane (selon contexte émotionnel et transit)
• en phyto : mélisse +++, +/- rhodiola (selon contexte émotionnel), +/- CBD (selon contexte douloureux)

✔ Faire le choix d’une alimentation adaptée et individualisée

Lorsqu’une personne présente un SII, l’alimentation la plus adaptée doit être :

• la plus simple possible à digérer pour éviter les phénomènes de fermentation
• la plus riche possible en nutriments et micronutriments facilement assimilables
• pensée pour éviter les éléments inutiles et néfastes : colorants, conservateurs, additifs, pesticides, etc.

Pour le SII, je conseille donc une alimentation :

• réduite en céréales, féculents en général et produits sucrés (une des clés majeures dans le SII pour réduire les fermentations coliques)
• riche en légumes et fruits frais, de saison, issus de l’agriculture biologique
• pauvre en gluten
• pauvre en produits laitiers
• si possible, apportant 1 g de protéines (principalement d’origine animale et de bonne qualité : œufs, viande, poisson) par kilo de poids idéal
• riche en bonnes graisses : huile végétale crue (olive, colza, noix, caméline, lin, etc.), oléagineux pré-germés (noix, amande, noisette), olives
• pauvre en soja et produits dérivés du soja sauf si lacto-fermentés
• apportant éventuellement des légumineuses, en fonction des capacités digestives, mais jamais plus d’une cuillère à soupe par repas et toujours pré-germées avant cuisson
• limitant au maximum les anti-nutriments (lectines et acide phytique) : pré-germer oléagineux et légumineuses, éplucher et épépiner les légumes d’été (tomate, concombre, courgette, poivron, aubergine), fermentation au levain pour le pain
• prise dans une ambiance calme et mastiquée jusqu’à ce que les aliments descendent en bouillie dans l’estomac

L’ensemble de ces conseils sera à adapter de façon individualisée.

Si vous souhaitez plus de détails ou approfondir ces sujets autour de l’alimentation, j’ai développé plus amplement ces questions dans trois articles :

• 7 conseils en naturopathie pour une digestion au top !
• L’alimentation « sans gluten » est-elle sans danger ?
• Pourquoi les salades de tomates peuvent « gâter » l’été des ventres les plus sensibles ?

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Dans ma pratique de naturopathe, je me pose systématiquement la question des autres causes possibles aux troubles digestifs que le SII ; notamment lorsqu’une personne venue me consulter avec un diagnostic validé de SII, n’est pas soulagée rapidement (diminution franche des symptômes voire disparition dans les deux mois), alors qu’elle a correctement suivi les recommandations de base en naturopathie concernant :

• le réajustement de l’alimentation,
• l’amélioration du transit,
• l’amélioration de la qualité de la muqueuse intestinale et du microbiote,
• le soutien du système nerveux et le soulagement des spasmes, etc.

Vous l’aurez compris, le Syndrome de l’intestin Irritable ne doit pas rester un diagnostic figé. Il n’est pas non plus une fatalité, mais un point de départ vers une réflexion ouverte sur les causes réelles des dysfonctionnements digestifs.

Prendre le temps de se poser les bonnes questions, s’intéresser aux pistes encore moins connues et apprendre à comprendre les signaux que le corps nous envoie permet, souvent, de résoudre des situations qui semblaient pourtant complexes.

Maud Guillemet,

naturopathe spécialisée dans les troubles digestifs,

ancienne infirmière en milieu hospitalier.

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Je prends RDV avec Maud Guillemet au cabinet à Besançon ou en visio

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1. https://www.snfge.org/grand-public/maladies-digestives/syndrome-lintestin-irritable-sii ↩︎
2. https://www.ameli.fr/assure/sante/themes/syndrome-intestin-irritable/reconnaitre-syndrome-intestin-irritable ↩︎
3. https://www.snfge.org/grand-public/maladies-digestives/syndrome-lintestin-irritable-sii ↩︎
4. https://www.snfge.org/grand-public/maladies-digestives/syndrome-lintestin-irritable-sii ↩︎
5. https://www.academie-medecine.fr/le-dictionnaire/index.php?q=trouble+fonctionnel ↩︎
6. https://www.snfge.org/grand-public/maladies-digestives/syndrome-lintestin-irritable-sii ↩︎
7. Hammer, H. F., Fox, M. R., Keller, J., Salvatore, S., Basilisco, G., Hammer, J., … & European H2‐CH4‐Breath Test Group. (2022). European guideline on indications, performance, and clinical impact of hydrogen and methane breath tests in adult and pediatric patients: European Association for Gastroenterology, Endoscopy and Nutrition, European Society of Neurogastroenterology and Motility, and European Society for Paediatric Gastroenterology Hepatology and Nutrition consensus. United European gastroenterology journal, 10(1), 15-40. ↩︎
8. Perets, T. T., Thurm, T., Ben-Yehoyada, M., Deutsch, L., Ron, Y., Baruch, R., … & Dickman, R. (2026). A national consensus guideline on the performance and interpretation of hydrogen-and methane-based breath tests for carbohydrate malabsorption, small intestinal bacterial overgrowth, and intestinal methanogen overgrowth. Annals of Gastroenterology, 39(4), 383. ↩︎
9. Perets, T. T., Thurm, T., Ben-Yehoyada, M., Deutsch, L., Ron, Y., Baruch, R., … & Dickman, R. (2026). A national consensus guideline on the performance and interpretation of hydrogen-and methane-based breath tests for carbohydrate malabsorption, small intestinal bacterial overgrowth, and intestinal methanogen overgrowth. Annals of Gastroenterology, 39(4), 383. ↩︎
10. Ménard, S. (2015, June). L’hyperperméabilité intestinale: un concept nouveau?. In 17. Entretiens de Nutrition de l’Institut Pasteur de Lille (pp. 12-p). ↩︎
11. Ménard, S. (2015, June). L’hyperperméabilité intestinale: un concept nouveau?. In 17. Entretiens de Nutrition de l’Institut Pasteur de Lille (pp. 12-p). ↩︎
12. Im, J., Lee, K., Lee, S. H., Jung, S., Kim, K. N., & Lee, J. (2026). Clinical Significance of Intestinal Fungal Overgrowth: Integrating the Gut Mycobiome into Modern Gastroenterology. Microorganisms, 14(6), 1365. ↩︎
13. Alonso-Monge, R., Gresnigt, M. S., Román, E., Hube, B., & Pla, J. (2021). Candida albicans colonization of the gastrointestinal tract: A double-edged sword. PLoS pathogens, 17(7), e1009710. ↩︎
14. Chow, E. W. L., Pang, L. M., & Wang, Y. (2021). From Jekyll to Hyde: the yeast–hyphal transition of Candida albicans. Pathogens, 10(7), 859. ↩︎
15. Im, J., Lee, K., Lee, S. H., Jung, S., Kim, K. N., & Lee, J. (2026). Clinical Significance of Intestinal Fungal Overgrowth: Integrating the Gut Mycobiome into Modern Gastroenterology. Microorganisms, 14(6), 1365. ↩︎
16. « Le syndrome métabolique est caractérisé par un tour de taille important (en raison d’un excès de tissu adipeux abdominal), une hypertension, une glycémie à jeun anormale ou une résistance à l’insuline et une dyslipidémie. » https://www.msdmanuals.com/fr/professional/troubles-endocriniens-et-m%C3%A9taboliques/ob%C3%A9sit%C3%A9-et-syndrome-m%C3%A9tabolique/syndrome-m%C3%A9tabolique ↩︎
17. Im, J., Lee, K., Lee, S. H., Jung, S., Kim, K. N., & Lee, J. (2026). Clinical Significance of Intestinal Fungal Overgrowth: Integrating the Gut Mycobiome into Modern Gastroenterology. Microorganisms, 14(6), 1365. ↩︎
18. Soliman, N., Kruithoff, C., San Valentin, E. M., Gamal, A., McCormick, T. S., & Ghannoum, M. (2025). Small intestinal bacterial and fungal overgrowth: health implications and management perspectives. Nutrients, 17(8), 1365. ↩︎
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28. Maintz, L., & Novak, N. (2007). Histamine and histamine intolerance. The American journal of clinical nutrition, 85(5), 1185-1196. ↩︎
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34. Carbonaro, M., Grant, G., Cappelloni, M., & Pusztai, A. (2000). Perspectives into factors limiting in vivo digestion of legume proteins: antinutritional compounds or storage proteins?. Journal of Agricultural and Food chemistry, 48(3), 742-749. ↩︎
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39. https://www.academie-medecine.fr/le-dictionnaire/index.php?q=trouble+fonctionnel ↩︎
40. Roth, B., Nseir, M., Jeppsson, H., D’Amato, M., Sundquist, K., & Ohlsson, B. (2024). A starch-and sucrose-reduced diet has similar efficiency as low FODMAP in IBS—a randomized non-inferiority study. Nutrients, 16(17), 3039. ↩︎

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Personnellement, je recommande de consulter un.e professionnel.le de santé et/ou naturopathe spécialisé.e, pour faire le point sur vos traitements et complémentations, avant de faire votre test SIBO/IMO. Cette préparation est primordiale pour éviter les faux négatifs et les faux positifs.

✓ 1 mois avant le test :	– pas d’antibiotiques pharmaceutiques ou naturels – pas de coloscopie ou hydrothérapie du côlon
✓ 1 semaine avant le test	– pas de prokinétiques pharmaceutiques ou naturels – pas de laxatifs pharmaceutiques ou naturels – pas de charbon actif – pas d’antidiarrhéiques pharmaceutiques ou naturels – pas de probiotiques ni de prébiotiques – pas de produits fermentés ou lacto-fermentés (kéfir, kombucha, yaourt, choucroute, etc.)
✓ 5 jours avant le test	– arrêt des compléments alimentaires
✓ la veille du test	– pas de traitement IPP (Inhibiteur de la Pompe à Protons ex. : Mopral, Inexium, etc.)
✓ la veille (ou 48 h avant si transit ≤ 3 selles/semaine)	– alimentation sans fibres – pas d’aliments qui fermentent – pas de bouillons d’os – pas de sucreries ni de dessert – pas d’édulcorant – pas de miel – pas de produits laitiers (lait, beurre, fromage, crème, etc) – pas de steak végétal – pas de panure ni friture – pas de légumineuses – pas de légumes ni de fruits – pas de céréales – pas d’oléagineux – pas de pain, ni de biscotte – pas de boisson sucrée (jus de fruit, soda) – pas de boisson alcoolisée – pas de boisson aromatisée – ex. de repas : riz basmati blanc (lavé et cuit longtemps, ni froid ni réchauffé) + poulet / œufs / poisson blanc – ex. de boissons : eau plate ou thé / café / tisane sans sucre
✓ le repas du soir, la veille de l’examen	– doit se terminer avant 19 h/19 h 30
✓ la nuit précédant l’examen	– 12 h de jeûne nocturne (eau plate ou tisane sans sucre ok)
✓ après 20 h la veille du test	– pas de cigarette
✓ 12 h avant et jusqu’à la fin du test	– pas de chewing-gum – pas de colle à dentier
✓ le jour du test	– brossage de dents sans dentifrice – bain de bouche à l’eau tiède

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