Maud Guillemet Naturopathe Besançon

• Dès la fin du repas, votre ventre gonfle comme celui d’une femme enceinte ?

• Vous avez beaucoup de gaz et cela est inconfortable socialement ?

• Vous souffrez de douleurs abdominales, associées à un transit perturbé (selles molles, diarrhées, constipation) ?

• Vous êtes souvent fatigué.e ?

• Vous avez des carences ?

• Vous avez perdu du poids ou au contraire vous avez pris des kilos impossibles à perdre ?

• Vous avez déjà consulté votre médecin traitant voire un gastro-entérologue et l’on vous a diagnostiqué « un syndrome de l’intestin irritable » ou « une colopathie fonctionnelle » en vous expliquant qu’il n’y a « rien à faire » ?

Attention : Ces symptômes peuvent également être causés par une alimentation inadaptée. S’il ne s’agit pas d’un SIBO ou d’un IMO, vous devriez être rapidement soulager avec un accompagnement « classique » des troubles digestifs en naturopathie :

1. réajuster l’alimentation
2. assainir le système digestif
3. cicatriser les muqueuses digestives
4. améliorer la qualité et la diversité du microbiote

En revanche, lorsque l’amélioration des symptômes tarde à se faire ressentir, il faut penser au SIBO ou à l’IMO.

En effet, il peut s’agir d’une pullulation de micro-organismes au niveau de l’intestin grêle et/ou du côlon. Dans ce cas, il faudra faire un test respiratoire au lactulose pour préciser de quel type de pullulation il s’agit, afin d’ajuster le traitement.

Peu de médecins et de gastro-entérologues connaissent le SIBO et l’IMO. Pourtant le test-diagnostic est en partie ou totalement remboursé et des traitements naturels ou allopathiques existent.

Sommaire :

• Qu’est-ce que le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth)
• Les 3 variantes du SIBO
• Qu’elles sont les causes du SIBO et de l’IMO ?
• Le test respiratoire au lactulose
• Les traitements et stratégies thérapeutiques à mettre en place

Qu’est-ce que le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth)

Le SIBO est une prolifération anormale de bactéries dans l’intestin grêle. Ces micro-organismes fermentent des glucides et des fibres (glucides fermentescibles), dans une zone qui n’est pas prévue à cet effet. Cela entraîne des ballonnements, des gaz et bien d’autres désagréments.

Pour schématiser, l’intestin grêle est la zone d’absorption des nutriments/micronutriments¹ et le côlon droit est la zone de fermentation des fibres. De ce fait il doit y avoir beaucoup moins de micro-organismes dans le grêle (10 millions par millilitre) que dans le côlon (10 milliards par millilitre).²

Dans le cas du SIBO, le contenu de l’intestin grêle stagne trop longtemps, des fermentations qui auraient dû avoir lieu plus loin, dans le côlon, commencent trop tôt. Cela entraîne un développement excessif et anormal de micro-organismes.

A terme, ces proliférations entraînent également une hyper-perméabilité intestinale³ avec atrophie des villosités intestinales⁴ et une inflammation de bas grade⁵. Ces phénomènes altèrent la qualité de la muqueuse de l’intestin grêle et amènent des défauts d’absorption (en nutriments et micronutriments), ce qui entraîne des carences.⁶

Les 3 variantes du SIBO

Il existe 3 formes de SIBO qui au départ étaient toutes regroupées sous ce même terme SIBO : Le SIBO hydrogène, le SIBO sulfure d’hydrogène et le SIBO C (comme Constipation) que l’on appelle maintenant IMO (Intestinal Methanogen Overgrowth)

Il est important de les différencier car leur traitement et le type d’alimentation conseillée ne sont pas les mêmes.

• Le SIBO à hydrogène :

Il est dû à une prolifération anormale de bactéries produisant de l’hydrogène, dans l’intestin grêle. Ce gaz n’est pas odorant. Les bactéries qui le produisent, par fermentation, sont par exemple : Escherichia coli, Clostridium, Citrobacter, Klebsiella, etc. Le SIBO hydrogène se manifeste le plus souvent par des diarrhées.

• Le SIBO à sulfure d’hydrogène

Il s’agit d’une prolifération anormale de bactéries produisant du sulfure d’hydrogène, dans l’intestin grêle. Ces bactéries peuvent être : Desulfovibrio, Fusobacterium, Bilophila Wadsworthia. Dans ce cas, les gaz sont odorants et sentent une odeur caractéristique d’œuf pourri. La diarrhée est souvent associée au SIBO à sulfure d’hydrogène.

Attention, pour éviter toute confusion, je fais ici une parenthèse sur les gaz odorants. Dans cet article nous parlons bien de micro-organismes fermentant des glucides ou des fibres (glucides fermentescibles).

En dehors du SIBO à sulfure d’hydrogène et de ses gaz sentant l’œuf pourri, les gaz odorants sont issus de putréfaction, au niveau du colon gauche. C’est-à-dire, de fermentation de protéines par des bactéries coliques. Ce phénomène n’est pas physiologique. Il est dû à la fermentation de protéines insuffisamment digérées. Au lieu d’être assimilées dans l’intestin grêle, elles continuent leur chemin jusqu’au côlon gauche où elles sont fermentées.

• L’IMO

Ici les micro-organismes en excès sont des archées⁷ et non des bactéries. Ces archées produisent du méthane comme par exemple : Methanobrevibacter smithii. Leur prolifération peut avoir lieu dans l’intestin grêle et dans le côlon. C’est pour cette raison qu’il n’est plus appelé SIBO. La constipation est plus généralement associée à l’IMO et ses gaz sont inodores.

Qu’elles sont les causes du SIBO et de l’IMO ?

• l’altération du Complexe Migrant Moteur (CMM)

Le Complexe Migrant Moteur, est le système de « vidange » de l’intestin grêle. Environ 1h30 à 2 h après chaque repas, le contenu de l’intestin grêle est évacué vers le côlon. Si cette fonction est altérée, ces stagnations favorisent les fermentations et la prolifération des micro-organismes.

Le CMM peut être altéré pour de nombreuses raisons : les chirurgies et les adhérences abdominales (chirurgie bariatrique, césarienne, endométriose, appendicectomie, etc.), la prise d’opiacés, les intoxications alimentaires, les touristas, le grignotage continu dans la journée, les syndromes d’Ehlers-Danlos⁸

• Le manque d’acidité au niveau de l’estomac

Au-delà de la fonction digestive, notre liquide gastrique est également important pour son rôle anti-microbien. Lorsque notre estomac ne produit pas assez d’acide chlorhydrique, il y a un risque de prolifération de micro-organismes, dans la suite du tube digestif.

Cette baisse d’acidité au niveau de l’estomac peut être due à : l‘hypothyroïdie, certains médicaments (Inhibiteurs de la Pompe à Protons, pansements gastriques), certaines infections comme Helicobacter Pylori, la vieillesse, etc.

• Trop de glucides dans l’alimentation

Lorsque notre alimentation est trop riche en glucides simples (soda, jus de fruits, bonbons, gâteaux, etc.) et/ou complexes (pain, pâtes, riz, farines, etc.) notre capacité digestive enzymatique est rapidement dépassée. Une partie de ces sucres ne sont pas découpés en éléments suffisamment petits pour passer la muqueuse de l’intestin grêle et arriver dans notre sang. Les glucides non digérés vont être fermentés par des micro-organismes qui se développeront anormalement.

• Une insuffisance de bile

La bile est produite par le foie et stockée dans la vésicule biliaire. Elle est déversée sur le bol alimentaire à sa sortie de l’estomac. Son rôle est d’émulsionner les graisses pour les digérer. Elle a un rôle antimicrobien comme pour notre liquide gastrique. Un manque de production de bile entraîne également des proliférations anormales de micro-organismes.

L’insuffisance de bile peut être due à : une surcharge du foie, des calculs dans la vésicule biliaire, l’ablation de la vésicule biliaire, un régime trop pauvre en graisses, etc.

• Un manque de mastication et d’insalivation des aliments

La digestion des glucides commence dans la bouche, grâce à la mastication et aux enzymes présentes dans la salive. Les aliments doivent descendre en bouillie dans l’estomac. Si cette étape n’est pas réalisée correctement, les glucides ne pourront pas être suffisamment digérés pour passer vers le sang. Ils vont être fermentés par des micro-organismes qui vont alors pulluler dans l’intestin.

• Un défaut d’immunité

Lorsque l’immunité est défaillante, il peut y avoir un manque de régulation du microbiote intestinal. Les cellules de l’immunité sont normalement très présentes au niveau de l’intestin grêle et interagissent avec les micro-organismes de la lumière intestinale.

Le test respiratoire au lactulose

Il existe un test non invasif, en partie (ou totalement) remboursé, qui permet de détecter le SIBO/IMO et d’en définir le type.

Il s’agit d’un test respiratoire qui peut se faire dans certains hôpitaux et dans quelques laboratoires en France. Vous avez également la possibilité de faire ce test respiratoire à domicile avec un kit spécifique (voir vidéo explicative), à commander auprès de certains laboratoires (ex : laboratoire Inovie/Baria).

Il consiste en l’ingestion d’une solution composée de lactulose (fructose + galactose). L’air expiré est recueilli toutes les 20 min pendant 3 h pour mesurer les niveaux d’hydrogène et de méthane. L’analyse de la temporalité à laquelle ils apparaissent et de leur quantité permet de définir s’il s’agit d’un SIBO à hydrogène ou d’un IMO.

Pour le moment en France, nous ne disposons pas de test pour le SIBO à sulfure d’hydrogène. Il est tout de même possible de s’appuyer sur les résultats du test et sur les signes cliniques pour en déduire la pullulation ou non de bactéries productrices de sulfure d’hydrogène.

La réalisation de ce test demande de suivre plusieurs recommandations très importantes, desquelles dépendent la validité du test (pas d’antibiotiques allopathiques ou naturels ni de coloscopie ni d’hydrothérapie du côlon un mois avant le test, pas de traitements prokinétiques⁹ allopathiques ou naturels ni d’antidiarrhéiques ni de probiotiques une semaine avant le test, alimentation spécifique 24h avant, jeûne de 12h la nuit, etc.).

Il peut être pertinent de se faire accompagner pour faire le point sur les recommandations, en fonction de vos traitements par exemple, pour ne pas fausser les résultats du test.

Les traitements et stratégies thérapeutiques à mettre en place

Différents traitements existent et sont efficaces. Pour éviter les récidives, il est important d’établir une véritable stratégie individualisée, prenant en compte : les causes de votre SIBO, vos tolérances alimentaires, vos antécédents médicaux et chirurgicaux, etc. Bien souvent, le SIBO n’est pas l’unique syndrome à traiter.

Chacun des axes de traitement décrits ci-dessous est important et de leur synergie dépend la réussite de l’accompagnement.

Mise en garde : les compléments de phytothérapie et de micronutrition cités ici doivent être ajustés selon vos symptômes, vos antécédents médicaux et chirurgicaux, vos sensibilités individuelles, vos éventuels traitements allopathiques, etc.

Pour ces raisons, je ne fais que les évoquer sans rentrer dans les détails. Ces compléments sont en vente libre mais je vous conseille grandement de vous faire accompagner par un.e naturopathe (ou autre professionnel) compétent.e, en phytothérapie et micro-nutrition.

1. Traiter les pullulations bactériennes

Cette étape est très importante mais doit être soutenue par les suivantes sous peine d’échec du traitement ou de récidives. Le choix des plantes doit se faire en fonction du SIBO/IMO.

SIBO hydrogène	– Berberine – Origan – Neem – Cannelle
SIBO sulfure hydrogène	– Berberine – Origan – Neem – Cannelle
IMO	– Allicine (extrait d’ail ne contient pas de fibres donc pas de FOPMAP) Dans le cas de l’IMO, il est nécessaire de traiter également le SIBO hydrogène car les archées méthanogènes se nourrissent également d’hydrogène.

Certains antibiotiques peuvent traiter les SIBO/IMO. Il s’agit de traitements médicaux qui sont efficaces mais qui présentent certains inconvénients et effets secondaires. Si vous faites le choix du traitement allopathique des pullulations bactériennes, adressez-vous à un médecin qui connait bien ce sujet.

2. Mettre en place un régime alimentaire spécifique et temporaire, selon le type de SIBO/IMO

J’utilise volontairement le mot « régime » car les conseils alimentaires qui suivent ne doivent pas être maintenus au-delà de 6 à 8 semaines pour le SIBO à hydrogène et l’IMO, ni au-delà de 1 à 2 semaines pour le SIBO à sulfure d’hydrogène. Cette temporalité est importante à respecter, sous peine d’entraîner des carences et un appauvrissement du microbiote intestinal.

• Dans le cas du SIBO à Hydrogène et de l’IMO : alimentation faible en glucides et plus spécifiquement en FODMAP

Vous l’avez compris, les bactéries et archées responsables du SIBO et de l’IMO se nourrissent de glucides.

Il convient donc d’adapter sa consommation de glucides dans l’alimentation. Je conseille de limiter au maximum ses apports en féculents (pain, pâtes, riz, pomme de terre, farines, etc.), en sucres rapides (céréales du petit déjeuner, bonbons, gâteaux, jus de fruits, soda, pâtisseries, viennoiserie, etc.), en lactose (lait et produits laitiers).

Il sera donc pertinent de favoriser les légumes et les fruits comme source de glucides dans l’alimentation.

Cependant certains légumes et fruits sont riches en FODMAP (fibres, glucides fermentescibles) et vont être (dans un premier temps) susceptibles d’entraîner trop de fermentation. Il est nécessaire de les éviter temporairement, le temps de réguler les pullulations de micro-organismes.

Différentes catégories de FODMAP	exemples d’aliments riches en FODMAP
Oligosaccharides : – Fructanes, – Galacto-oligosaccharides (GOS)	– blé, seigle, orge, fruits séchés, pastèque, ail, oignon, chicorée, artichaut, inuline – légumineuses, noix de cajou, pistache
Disaccharides : – Lactose	– lait, yaourt, fromage frais, beurre, crème, etc
Monosaccharide : – Fructose	– pomme, poire, mangue, pastèque, figue, asperge, artichaut, miel, agave
Polyols : – Mannitol – Sorbitol	– champignon, chou-fleur – pastèque, nectarine, prune, pêche, produits « sans sucres » (édulcorants)

Catégories	Exemples d’aliments pauvres en FODMAP
Légumes	– endive, carotte, épinard, radis, navet, laitue – tomate, concombre, aubergine (digestes sans peau ni graines) – 1/2 avocat
Fruits	– fraise, framboise, bluet, kiwi, ananas, agrumes, rhubarbe, myrtille, raisin
Féculents	– riz basmati blanc, sarrasin, sorgho, millet, amarante, quinoa
Protéines	– viande, poisson, œuf
Lipides	– huile végétale – olive – noix, amande, noisette (plus digestes trempées une nuit)

• Dans le cas du SIBO à sulfure d’hydrogène : régime pauvre en glucides et en composés soufrés

Le SIBO à sulfure d’hydrogène est un cas « à part ». Pour diminuer les pullulations bactériennes de ce type de SIBO, il faudra au contraire une alimentation riche en fibres (donc en FODMAP) mais pauvre en autres glucides (sucres lents et rapides) et en composés soufrés (certaines viandes, certains poissons, produits laitiers, œufs, certains végétaux).

Ce régime est particulièrement restrictif et ne doit pas être maintenu au-delà de 1 à 2 semaines.

Types d’aliments	Exemples d’aliments riches en composés soufrés
Viande	porc, agneau, poulet, viande rouge, abats
Oeuf	surtout jaune cuit
Poissons et fruits de mer	thon, cabillaud, sole, crevettes, coquillages (sauf ceux cités tableau suivant)
Légumes	ail, oignon, ciboulette, choux, brocoli, radis, navet, cresson, asperge, topinambour, germes de soja, épinard, blette, moutarde, haricot vert, petit pois, poireau, rutabaga
Fruits	papaye, ananas
Oléagineux	noix de cajou, graines de sésame, noix de pécan, graines de courge, cacahuète, noisette, amande, etc.
Légumineuses	haricots secs, pois chiches, lentilles, etc
Lipides	huile de coco
Produits laitiers	Lait, fromage, crème, yaourt, crème glacée
céréales	toutes (sauf riz blanc cf tableau suivant)
Boissons	alcool, thé, café, chocolat, certaines eaux du robinet contiennent du sulfure d’hydrogène
Conservateurs	sulfites : vin, bière, charcuterie, fruits séchés
Compléments alimentaires	MSM, radis noir, huile de Harlem, L-méthionine, L-cystéine ou NAC, L-taurine, glucosamine, glutathion, L-glycine, DMSO, SAMe, méthylcobalamine, méthylfolate, chlorhydrate de bétaïne et choline, chlorella, sulfate de chondroïtine, acide alpha-lipoïque, collagène

Types d’aliments	Exemples d’aliments pauvres en composés soufrés
Poissons	saumon, sardine, maquereau, anchois, hareng, palourde, huître
Viandes	volaille à chair foncée : canard, pintade, pigeon, oie, caille
Oléagineux	noix de macadamia (à tremper 7 heures avant de consommer)
Légumes	patate douce, 1/2 avocat, artichaut, pousses de bambou, betterave, poivron, carotte, céleri, fenouil, laitue, champignon, panai, pommes de terre courges, igname, courgette/tomate/concombre/aubergine (sans peau ni graines)
Fruits	pomme, 1/2 banane, baies, cerises, agrumes, raisins, kiwi, pamplemousse,mangue, melon, nectarine, pêche, poire, kaki, prune
Lipides	huile d’olive
Produits laitiers	ghee/beurre clarifié
Céréales	riz blanc
Boissons	tisane, eau en bouteille ou filtrée

3. Soutenir le Complexe Migrant Moteur (CMM)

Le CMM est le système de vidange de l’intestin grêle vers le côlon. L’intestin grêle doit être vidé de son contenu 1h30 à 2h après chaque repas, sous peine de fermentations et de pullulations.

Le grignotage tout au long de la journée interfère dans ce processus. Pour éviter cela, il est important de jeûner 4 h entre chaque prise alimentaire et 12h la nuit.

Pour soutenir le CMM, il est judicieux de prendre des prokinétiques comme le gingembre, le 5 HTP, le chardon marie, l’artichaut (en teinture mère ne contient pas de fibres donc pas de FODMAP).

4. Traiter l’hyper-perméabilité intestinale

La muqueuse de l’intestin grêle et les villosités intestinales sont atteintes dans le SIBO/IMO et nécessitent un travail de cicatrisation. En naturopathie, la cicatrisation de l’intestin grêle peut par exemple se faire avec de la L glutamine ou du gel d’aloe vera, associé à du zinc.

5. Complémenter les éventuelles carences

Le SIBO et l’IMO sont très souvent associés à des carences en micro-nutriments par défaut d’absorption, dûes à l’atteinte de la muqueuse intestinale (vitamines B9 et B12, zinc, fer, vitamines A/E/D, etc). Les carences en vitamines liposolubles (A, E, D) vont également être associées à un défaut de digestion et d’absorption par manque d’acide biliaire. Ces carences peuvent être détectées dans un bilan sanguin.

Les compléments utilisés doivent être choisis sous des formes assimilables comme des formes méthylées pour les vitamines du groupe B et des formes bisglycinates pour le zinc et le fer.

6. Soutenir l’immunité

L’immunité joue un rôle important dans l’équilibre et la régulation du microbiote. De plus des phénomènes d’auto-immunité peuvent particulièrement mettre à mal le Complexe Migrant Moteur.

Soutenir et équilibrer son immunité est une approche globale que j’ai abordée dans un article complet : Comprendre et potentialiser son immunité pour être en pleine santé toute l’année ! Je vous invite à aller le consulter. Vous y trouverez une mine d’informations sur le sujet.

En termes de complémentation, l’équilibre immunitaire passe souvent par la prise de : vitamine D, zinc, magnésium, vitamine C, oméga 3, etc.

Souvent oubliée, cette partie de la prise en charge du SIBO/IMO est indispensable pour éviter les rechutes ou échecs de traitement.

---

Vous l’aurez compris, la prise en charge du SIBO/IMO est un vaste sujet qui nécessite : un test respiratoire correctement réalisé et un traitement global et personnalisé. Cependant si vous êtes bien accompagné, les résultats sont au rendez-vous. Je vous conseille de vous faire aider par un.e praticien.ne spécialisé.e et compétent.e.

1. Les nutriments sont les formes assimilables des protéines (acides aminés ou courtes chaînes de peptides), des glucides (glucose, fructose, galactose) et des lipides (monoglycérides, acides gras libres, cholestérol). Les nutriments sont les substrats énergétiques de notre corps.
   Les micronutriments sont les vitamines (A ,E, D, B, C, etc), les minéraux (calcium, magnésium, sodium, etc.) et oligo-éléments (iode, fer, zinc sélénium). Les micronutriments n’ont pas un rôle énergétique direct mais sont indispensables au bon fonctionnement de notre organisme
   ↩︎
2. https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/#:~:text=Intestin%20gr%C3%AAle%20(l’acidit%C3%A9%20et,milliards%20de%20bact%C3%A9ries%20par%20millilitre ↩︎
3. L’hyper-perméabilité intestinale est une altération de la muqueuse de l’intestin grêle. Cette muqueuse est une membrane « intelligente » qui doit réussir la prouesse de laisser passer les nutriments sans laisser entrer d’aliments insuffisamment digérés ni de micro-organismes. Dans l’hyper-perméabilité intestinale, cette muqueuse n’est plus aussi sélective qu’elle devrait l’être. Des aliments insuffisamment digérés et des toxines microbiennes peuvent la traverser et pénétrer le milieu interne (sang et organes). ↩︎
4. Les villosités intestinales sont les replis de l’intestin grêle qui permettent d’augmenter la zone d’absorption des nutriments et des micronutriments ↩︎
5. L’inflammation est une réaction du système immunitaire à une agression. Ces symptômes sont : rougeur, chaleur, œdème, douleur, perte de fonction. Les symptômes de l’inflammation aiguë sont évidents et peuvent être facilement confirmés par la biologie sanguine (C Réactive Protéine /Vitesse de Sédimentation).
   L’Inflammation de bas grade est une inflammation chronique qui évolue à bas bruit. Ses symptômes sont donc moins évidents. Son marqueur biologique sanguin est la CRP ultra sensible . ↩︎
6. Escoda, T., Retornaz, F., Plauzolles, A., & Halfon, P. (2025). SIBO, quand un mythe devient réalité. La Revue de Médecine Interne, 46(1), 40-48. ↩︎
7. Les archées sont des micro-organismes qui ont des points communs avec les bactéries. Par exemple, leur ADN n’est pas contenu dans un noyau. En revanche, les archées diffèrent génétiquement des bactéries. ↩︎
8. Selon le Manuel MSD grand public : « Les syndromes d’Ehlers-Danlos sont des maladies héréditaires rares du tissu conjonctif qui aboutissent à une souplesse anormale des articulations, une peau très élastique et des tissus fragilisés. ». ↩︎
9. Selon le Manuel MSD grand publique : Les prokinétiques sont : « Les médicaments qui stimulent le mouvement du contenu dans l’œsophage, l’estomac et les intestins (…) ». ↩︎